wordpressにlightbox効果を加える場合にはプラグインを用いることが多いようですが、複数のjQueryを組み合わせる場合などもあるし、自分で調整できたほうが使いやすいのでボクは従来の方法を使っています。
ただし、以下の方法はプラグインのlightboxを使っていても同様にできると思います。

まずlightboxをjQuery lightBox plugin 0.5からダウンロードします。
解凍して出来上がった「jquery.lightbox-0.5.js」をテキストエディタで開いて「.gif」を検索します。
6行見付かるので、以下のように修正します。

imageLoading:’http://《blogのURL》/wp-content/themes/《テーマ名》/images/lightbox-ico-loading.gif’,
imageBtnPrev:’http://《blogのURL》/wp-content/themes/《テーマ名》/images/lightbox-btn-prev.gif’,
imageBtnNext:’http://《blogのURL》/wp-content/themes/《テーマ名》/images/lightbox-btn-next.gif’,
imageBtnClose:’http://《blogのURL》/wp-content/themes/《テーマ名》/images/lightbox-btn-close.gif’,
imageBlank:’http://《blogのURL》/wp-content/themes/《テーマ名》/images/lightbox-blank.gif’,
<img src=”http://《blogのURL》/wp-content/themes/《テーマ名》/images/lightbox-btn-close.gif”>

更新したファイルを含めた解凍して出来上がった全ファイルを ~/wp-content/themes/《テーマ名》/ にコピーします。
cssは ~/wp-content/themes/《テーマ名》/css にコピー
jsは ~/wp-content/themes/《テーマ名》/js にコピー
imagesは ~/wp-content/themes/《テーマ名》/images にコピー

次にjQuery本体を呼び込みます。
これは自分のサーバから呼び込んでも良いですが、キャッシュやバージョン管理の観点からgoogleのjsapiを利用するのが良いです。
以下をメインインデックスのテンプレートの<head>〜</head>の間にコピーします。

<script type=”text/javascript” src=”http://www.google.com/jsapi”></script>
<script>google.load(“jquery”, “1″);</script>
<script type=”text/javascript” src=”<?php bloginfo(‘template_url’); ?>/js/jquery.lightbox-0.5.js”></script>
<link rel=”stylesheet” type=”text/css” href=”css/jquery.lightbox-0.4.css” media=”screen” />
<script type=”text/javascript”>
$(function() {
$(‘a[rel^=lightbox]‘).lightBox();
});
</script>

(“jquery”, “1”)でバージョン1.*の最新版を呼び込みます。
現時点での最新は1.4.2ですが、今後もこのバージョンを使いたい場合は以下のように記述します。
<script>google.load(“jquery”, “1”);</script>
↓
<script>google.load(“jquery”, “1.4.2”);</script>

最後に「Add lightBox」プラグインをインストールして有効にします。
このプラグインはリンク先が画像ファイルになっているaタグが画像ファイルを囲っている場合に、aタグにrel=lightbox[記事ID]を加えます。
ページ内に複数記事の画像が表示されていても記事IDでグループ化されますので安心です。

これで、画像アップロード時にrel=”lightbox”を入れなくてもlightbox効果を使う事ができ、画像へのリンクにしか効果が機能しないように制限できます。